Mapfre Aspar rijder Julian Simon begon goed aan de kwalificatie door in zijn tweede ronde een tijd te noteren die te snel bleek te zijn voor de andere rijders. Een tien minuten later wist Simon zijn tijd nog wat aan te scherpen en daarmee bleef hij nog eens een kleine tien minuten op kop staan.

Daarna was het Alex de Angelis die even op pole kwam te staan voordat Roberto Rolfo de San Marinees een positie terug wist te zetten. Vervolgens was het Toni Elias die met nog 13 minuten te gaan de pole wist te pakken. De klassementsleider, die hier in Maleisië wereldkampioen kan worden, bleef met zijn tijd vijf minuten op die beste plek staan waarna Simon drie tienden onder de tijd van de Gresini rijder dook.

De 2’08.562 die Simon daarvoor nodig had bleef de  rest van de sessie bovenaan staan maar het waren Alex de Angelis en Thomas Lüthi die zich nog tussen de twee titelrivalen wisten te nestelen.