Net als in de twee vrije trainingen zagen we Thomas Lüthi op zijn Interwetten Moriwaki al snel naar de snelste tijd komen. De Zwitser meldde zich al na vier minuten met de snelste tijd bij de tijdwaarneming, zag daarna nog even Shoya Tomizawa sneller rond gaan maar was al snel weer sneller dan de Japanner. Daarna verbeterde Lüthi zijn tijd nog een keer en bleef vervolgens met die tijd tot in de laatste fase van de kwalificatie bovenaan staan.

De 1’43.973 van de 125cc wereldkampioen van 2005 bleek voor velen te snel te zijn en even leek het erop dat Lüthi, net als in de tweede vrije training op kop zou blijven staan maar met nog iets meer dan tien minuten te gaan was het Andrea Iannone die er even goed voor was gaan zitten en zo bijna een halve seconde wist te vinden. Verder wist alleen Yuki Takahashi op het laatste moment nog onder de tijd van Lüthi te komen die dus naar de derde plaats zakte. Naast deze drie rijders vinden we ook Toni Elias op de eerste startrij.