Loris Capirossi maakt een bliksemstart en wordt in de eerste bocht gevolgd door Marco Melandri, Sete Gibernau, Valentino Rossi, Shinya Nakano, Casey Stoner, Toni Elias, Randy de Puniet, Nicky Hayden, Kenny Roberts en, verassend, Makoto Tamada.
In de eerste ronde probeert Melandri Capirossi te passeren wat ongeveer een bocht lukt maar Capirossi slaat meteen terug. Gibernau verliest zijn plaats aan Rossi en de Puniet wordt gepasseerd door Hayden.
Pedrosa komt redelijk goed weg maar komt in een van de bochten net even naast de baan en verliest flink wat plaatsen en komt daarna als vijftiende door.
Casey Stoner draait het gas even flink open en passeert kort na elkaar eerst Nakano en daarna ook Gibernau en belandt op plaats vier. John Hopkins verremt zich en moet een flink stuk door de grindbak en sluit weer als laatste aan.
Na een vijftal ronden heeft de top drie - Capirossi, Melandri en Rossi – een klein gaatje naar het volgende trio – Stoner, Gibernau en Nakano – dan een klein gaatje naar Hayden, die inmiddels Elias gepasseerd is, en Roberts.
Sete Gibernau komt dan in een beter ritme en weet Stoner weer terug te pakken voor de vierde plaats. Hayden, op plaats zeven, komt ook in een beter ritme en loopt in op het groepje voor hem met als eerste slachtoffer Nakano. De Puniet gaat dan onderuit terwijl hij op een twaalfde plaats lag.
Melandri doet in het heuvelaflopende stuk een poging om Capirossi in te halen maar verremt zich waardoor Capirossi wat meer afstand kan nemen. Stoner maakt even later een fout en zakt terug tot achter Elias.
We zitten halverwege de race en Capirossi heeft een klein gaatje van iets meer dan een seconde naar Melandri en Rossi met daarna een groter gat van 3,6 seconden naar Gibernau, Nakano en Hayden terwijl Elias, Stoner en Roberts er niet al te ver vandaan zitten. Een ronde later gaat Stoner over het voorwiel onderuit terwijl we zien dat Capirossi steeds meer voorspong neemt.
In de vijftiende ronde steekt Rossi, na meerdere keren zijn voorwiel te hebben laten zien, zijn Yamaha voorbij de Honda van Melandri en neemt de tweede plaats over terwijl Capirossi nu iets meer dan anderhalve seconde voorsprong heeft. Rossi neemt meteen ook wat afstand van Melandri en loopt in op Capirossi maar die krijgt dat door en schroeft het gas van de Ducati weer ietsje meer open.
Met nog vier ronden te gaan is er weinig veranderd: Capirossi voor Rossi, Melandri, Gibernau, Nakano, Hayden, Elias, Pedrosa, Roberts, Edwards. Tamada, Vermeulen, Akiyoshi, Hopkins, Checa. Ellison en Hofmann. Nakano loopt een beetje in op Gibernau en iets weg van Hayden.
In de voorlaatste ronde heeft Capirossi zijn voorspong op Rossi uitgebouwd naar 3,5 seconde en bij het ingaan van de laatste ronde is dat opgelopen naar 4,3 seconden en dat geeft hij niet meer weg. Bij de finish is het maar liefst vijf seconden geworden op Rossi. Melandri wordt derde. Nakano doet in de bocht onderaan de heuvel nog een poging om Gibernau te passeren maar waagt te veel en gaat onderuit en neemt bijna Gibernau mee. Hayden is de lachende vijfde voor Elias en Pedrosa.
Nicky Hayden heeft met 236 punten nu nog 12 punten voorspong op Valentino Rossi (224). Melandri (209) heeft nu 27 punten achterstand op Hayden en Capirossi (205) 31 punten. Pedrosa (202) is weer een plaatsje gezakt en ligt nu vijfde in de tussenstand met 34 punten achterstand.
Uitslag race | Stand na Motegi