Het is nog steeds droog in Estoril maar de nog grotendeels vochtige baan droogt niet snel genoeg op en dus moesten de MotoGP rijders het in het begin even rustig aan doen. Een aantal rijders ging meteen de baan op om te kijken hoe de omstandigheden waren om vervolgens na een voorzichtige ronde alweer terug te komen.

Na een kwartier rijden waren er nog maar tien rijders op de baan geweest en was het Loris Capirossi die al een aantal keer de snelste tijd voor zijn rekening nam. In het restant van de sessie zouden steeds meer rijders toch maar de baan op gaan en aan het einde van de derde vrije training had iedereen, op Alvaro Bautista na, een tijd weten te zetten.
 
Na Capirossi zagen we Valentino Rossi naar de kop komen en daarna ook Jorge Lorenzo, Dani Pedrosa en Casey Stoner. De Australiër leek met nog 20 minuten te gaan een tijd gezet te hebben die op de regenbanden niet meer verbeterd kon worden want de tijd van Stoner bleef ruim een kwartier staan.