Na de eerste 15 minuten was Casey Stoner de eerste rijder die wat langer bovenaan de lijst bleef staan. De Ducati r4ijder werd pas halverwege de sessie weer van die plaats verdreven toen Randy de Puniet, zoals vaak het geval is, als eerste een ronde met een kwalificatieband reed.
Na de Puniet volgende nog een aantal rijders waardoor achtereenvolgens Colin Edwards, Loris Capirossi, Nicky Hayden, Jorge Lorenzo en Valentino Rossi even naar de pole wisten te komen.
Met nog 16 minuten te gaan ging Stoner er eens goed voor zitten en zette als eerste een tijd onder de 1'46 neer door op dat moment 0,711s sneller te zijn. Het was zo'n groot verschil dat de kwalificatie al beklonken leek maar niet veel later wist Lorenzo 0,081s sneller rond te gaan en op die tijd reden de andere rijders zich stuk.
Lorenzo zou in de laatste fase zijn tijd nog iets weten te verbeteren om op een 1'45.543 uit te komen en zat daarmee onder de beste 990cc ronde van Loris Capirossi van twee jaar geleden.
Ook Stoner's tijd bleef voor de rest van de rijders onbereikbaar. Nicky Hayden werd ‘best of the rest' toen hij in de laatste minuut, na een ronde eerder zijn snelle ronde al vroeg te hebben afgebroken toen Anthony West in de weg reed, na een twee ronde op zijn kwalificatieband naar de derde tijd.
Valentino Rossi staat vooraan op de tweede startrij voor Dani Pedrosa en Loris Capirossi. Colin Edwards, Randy de Puniet en Shinya Nakano vullen de derde startrij voor tiende man James Toseland.
Alex de Angelis was de enige rijder die onderuit ging, hij deed dat in de laatste fase en zou daarbij wel eens gezorgd kunnen hebben dat meerdere rijders hun snelle ronde de mist in zagen gaan. de Angelis bleef voor zover bekend ongedeerd en zal vanaf de 18e plaats mogen starten, alleen Kousuke Akiyoshi staat nog achter hem.