Vanaf de zesde minuut ging het gevecht om de eerste plek al tussen de Australiër en de jonge Spanjaard, waarbij Stoner in eerste instantie het voortouw nam. Lorenzo nam echter in de dertiende minuut van de vrije training de leiding en wist zijn eigen tijd meerdere malen te verbeteren en ruim twintig minuten die eerste plek vast te houden.
Daarna kwam Valentino Rossi met een snelle ronde waarmee de Fiat Yamaha rijder, die uiteindelijk toch nog 0,744s langzamer was dan zijn teamgenoot, ruim twintig minuten lang de koppositie bekleedde. Rossi zal er met zijn team nog hard aan moeten werken om een oplossing te vinden zodat hij het gat met zijn teamgenoot kan verkleinen voor de kwalificatiesessie.
Casey Stoner wist over de tijd van Rossi heen te komen en deze nog weer twee keer te verbeteren, maar drie minuten voor het einde was het weer Lorenzo die uiteindelijk iedereen het nakijken gaf en als enige rijder onder de 1’37 wist te blijven.
Nog net binnen een seconde van de tijd van Jorge Lorenzo, eindigde de Monster Yamaha Tech 3 rijder Colin Edwards op de vierde plek, gevolgd door Repsol Honda coureur Dani Pedrosa.
Loris Capirossi (Rizla Suzuki), Andrea Dovizioso (Repsol Honda), Toni Elías (San Carlo Honda Gresini), Alex de Angelis (San Carlo Honda Gresini) en Nicky Hayden (Ducati Marlboro) waren de overige rijders die tijdens de tweede vrije training respectievelijk in de top tien eindigden.