Pedrosa was iets meer dan een halve seconde langzamer dan Jorge Lorenzo terwijl Fiat Yamaha rijder Valentino Rossi de sessie, die onder warme en vochtige omstandigheden werd verreden, als vierde af sloot.
In de snelste ronde van Jorge Lorenzo, die na veel pech op Phillip Island nu weer een prima start van het raceweekend heeft gemaakt, zette de Yamaha rijder een tijd neer van 2’02.180s en alleen de top vier rijders wisten onder de 2’03s te blijven.
Valentino Rossi kan dit weekend op Sepang de 2009 MotoGP wereldkampioenschap titel behalen, nu hij 38 punten voor staat op zijn teamgenoot Lorenzo, die op Phillip Island crashte tijdens de race en daarmee zijn hoop op de titel heeft verloren.
Pedrosa’s Repsol Honda teamgenoot Andrea Dovizioso maakte de top vijf compleet met een beste rondetijd van 2’03.142, maar werd met een verschil van 0,1s op de voet gevolgd door Rizla Suzuki coureur Loris Capirossi, die na een teleurstellend weekend in Australië het seizoen goed af hoopt te sluiten in de laatste twee races.
Toni Elías (San Carlo Honda Gresini), Nicky Hayden (Ducati Marlboro), Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3) en Chris Vermeulen (Rizla Suzuki) zijn respectievelijk terug te vinden in de top tien van de openingstraining op Sepang.