Na de afgelopen drie races op Sepang op het podium van de koningsklasse te hebben gestaan, liet Pedrosa nu ook weer zien dat het Maleisische circuit hem goed lag en een goed resultaat kan de kleine Spanjaard dit weekend goed gebruiken in de strijd om de derde plek in het kampioenschap met de Ducati rijder Casey Stoner.
Pedrosa zette een snelste tijd neer van 2’01.427, maar Fiat Yamaha rijder Valentino Rossi zat niet ver van deze tijd af. De Italiaan, die zondag een top vier finish nodig heeft om zich op Sepang al te verzekeren van de 2009 wereldtitel, noteerde een tijd van 2’01.446 waarmee hij slechts 0.019s langzamer was dan de Spanjaard.
Ook de snelste tijd van de Australische coureur Casey Stoner scheelde niet veel van Pedrosa’s snelste ronde, want de Ducati rijder was 0.058s langzamer dan Pedrosa, terwijl Jorge Lorenzo, die op vrijdag nog de tijdlijsten aanvoerde, 0.319s achter Stoner op de vierde plek terug te vinden is.
Repsol Honda rijder Andrea Dovizioso noteerde een vijfde snelste tijd, waarna Toni Elías (San Carlo Honda Gresini), Nicky Hayden (Ducati Marlboro) en Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3) respectievelijk op de zesde tot en met achtste plek stonden, en allemaal nog binnen een seconde van de snelste tijd wisten te blijven.
Pramac Racing rijder Mika Kallio en Loris Capirossi (Rizla Suzuki) maakten de top tien compleet.