In het begin van de kwalificatie voor de Cardion AB Grand Prix Ceske Republiky was het nog Jorge Lorenzo die de lakens uit deelde maar zo halverwege  kwam Dani Pedrosa voor de eerste keer in deze sessie naar de snelste tijd. Pedrosa bleef daar een kwartier staan voordat Ben Spies de tijd van de Repsol Honda rijder wist te verbeteren. Niet veel later kwam Pedrosa met zijn antwoord, namelijk twee opeenvolgende snellere ronden waarna de Spanjaard naar binnen ging voor een nieuw setje banden.

Met nog vier minuten op de klok was het wederom Spies die naar de snelste tijd kwam en het leek er op dat de Amerikaan zijn eerste pole ging pakken, ook omdat vlak nadat Spies op kop kwam te staan eerst Jorge Lorenzo en kort daarna ook Valentino Rossi onderuit gingen en voor Spies dus geen bedreiging meer vormde.

De enige die Spies nog van zijn pole kon houden was Pedrosa  maar met zijn laatst ronde leek het eerst niet te lukken maar uiteindelijk wist de Repsol Honda rijder toch nog 0,338s onder de tijd van Spies te komen en de pole te pakken.
Voordat Lorenzo onderuit ging had hij de derde tijd in handen en dat bleef ook zo en de klassementsleider zal dus vanaf de eerste startrij mogen starten.  Rossi lag voor zijn schuiver vierde maar zag Casey Stoner nog een snellere tijd noteren, verder zien we Andrea Dovizioso op de tweede startrij.