Achter Rossi, Dovizioso, Lorenzo en Stoner – die binnen 0,307s van elkaar staan – was het Ben Spies die op het voor hem nieuwe Motegi een indrukwekkende vijfde tijd noteerde, de Texaan had echter wel acht tienden achterstand op Stoner. Hiroshi Aoyama liet zich ook van zijn goede kant zien met de zesde tijd voor Colin Edwards, Hector Barbera, Loris Capirossi en Marco Simoncelli.

Met Dani Pedrosa ging het goed mis. In zijn derde ronde ging de Repsol Honda rijder onderuit waarbij zijn linkervoet klem kwam te zitten onder zijn RC212V. Met zijn voet was echter weinig aan de hand, wel heeft de Spanjaard zijn sleutelbeen op drie plaatsen gebroken en het lijkt er dan ook op dat we Pedrosa dit weekend maar mogelijk langer niet in actie zullen zien komen. Later meer nieuws over Pedrosa.  

Naast Pedrosa zagen we ook crashes van Ben Spies, die op lage snelheid zijn Yamaha plat legde, en Nicky Hayden die in de hairpin met zijn Ducati onderuit ging. De beide Amerikanen liepen alleen een gekrenkt ego op.