De pole positie is dan wel voor Casey Stoner maar het was zeker geen dominante kwalificatie voor de Australiër. In het begin van de sessie wist Stoner met een reeks snelle ronden een 20 minuten boven aan te blijven staan maar daarna waren het achtereenvolgens Colin Edwards, Andrea Dovizioso een paar keer Nicky Hayden en een paar keer Jorge Lorenzo. Met een laatste snelle ronde wist de Ducati rijder echter toch de pole naar zich toe te trekken.
Valentino Rossi kwam in het hele verhaal om de snelste tijden niet aan de beurt. Rossi wist in het begin van de sessie nog even naar de snelste tijd te komen maar zakte daarna steeds wat verder terug. Toen de Italiaan met nog 14 minuten te gaan net met een snelle ronde bezig was raakte hij net even buiten de baan in de derde bocht om vervolgens met hoge snelheid over het gras te rijden. Bij de overgang tussen gras en grindbak werd kwam de machine uit balans waarna rijder en machine met nog een aardige snelheid onderuit gingen.
Met nog een minuut of zeven op de klok keerde Rossi weer terug in zijn pitbox waar hij nog even kort een extra onderzoek kreeg van Dokter Costa voordat hij met minder dan twee minuten te gaan de baan weer op ging. Rossi kwam vervolgens net niet op tijd over start-finish en wist zodoende zijn tijd dus niet te verbeteren en zal morgen van een twaalfde plaats starten.
Nicky Hayden stond in de laatste minuut nog op pole met een eerder gezette tijd maar in die laatste minuut wisten en Jorge Lorenzo en Casey Stoner de Amerikaan nog te passeren. Stoner kwam uiteindelijk uit op een 1'28.665 en was daarmee 0,069s sneller dan Lorenzo en 0,091s sneller dan Hayden.
Randy de Puniet kwam met zijn laatste ronde nog naar de vierde tijd voor James Toseland en Dani Pedrosa. Colin Edwards, Andrea Dovizioso en Shinya Nakano vormen de derde rij voor de Alex de Angelis, Loris Capirossi en Rossi.
Helaas voor Chris Vermeulen gaat het nog steeds niet echt super met de Suzuki's op Phillip Island, de Australiër kwalificeerde zich op de15e plaats voor John Hopkins, Marco Melandri en Anthony West.