Al vroeg in de kwalificatie zagen we Ducati Marlboro rijder Casey Stoner naar de snelste tijd komen. De Australiër had maar twee ronden nodig om een tijd te noteren die sneller was dan die Jorge Lorenzo en Nicky Hayden daarvoor hadden genoteerd. Met zijn daaropvolgende ronde noteerde Stoner een tijd die een groot deel van de sessie bovenaan bleef staan.
Met nog iets minder dan 20 minuten te gaan wist Stoner zijn tijd nog eens een keer te verbeteren om daarna nog ruim tien minuten op kop te staan voordat Valentino Rossi zijn snelste ronde van de kwalificatie noteerde en daarmee 0,075s onder de tijd van Stoner dook. De Australiër ging vlak daarna echter weer de baan op en wist al snel weer een snellere tijd dan Rossi te noteren, in eerste instantie maar 0,005s sneller maar twee ronden later wist Stoner nog eens vijf honderdsten van zijn eigen tijd te rijden waarbij hij uitkwam op een 1'30.341.
Rossi had geen antwoord meer op de snelle tijd van Stoner en moest dus genoegen nemen met de tweede tijd. Daarachter leek Jorge Lorenzo een derde tijd te hebben genoteerd ware het niet dat Dani Pedrosa, na eerder in de sessie onderuit te zijn gegaan, op zijn reservemachine 0,001s onder de tijd van Lorenzo wist te duiken en zo de Spaanse Yamaha rijder naar de tweede startrij verdreef. De achterstand van Pedrosa op Stoner is met ruim zeven tienden echter wel groot te noemen.
Naast Lorenzo zien we dan ook Colin Edwards en Alex de Angelis, die net als Pedrosa eerder in de sessie onderuit ging, op de tweede startrij staan. Nicky Hayden haalde de tweede startrij net niet en vindt Randy de Puniet en Mika Kallio naast zich op de derde startrij terwijl Andrea Dovizioso de top tien vol maakt.
Dat een hoge topsnelheid op dit circuit niet garant staat voor een snelle tijd blijkt uit de 11e tijd van Toni Elias die met 324 km/h de snelste man was in deze kwalificatie.
Phillip Island en Suzuki liggen elkaar niet, dat is al jaren zo en werd ook in de kwalificatie weer eens goed duidelijk met Loris Capirossi en Chris Vermeulen respectievelijk op een 13 en 15e plaats.