Net als in de 125cc klasse wist een groot deel van de MotoGP rijders door de hardere wind hun tijd uit de eerste vrije training niet te verbeteren maar dat betekende niet dat het niet geprobeerd werd.

Het waren in deze tweede vrije training wederom de Repsol Honda rijders Casey Stoner en Dani Pedrosa die hun stempel op de sessie wisten te zetten. Stoner kwam na zijn snelle tijd in de ochtend al snel bovenaan te staan en bleef daar tot ongeveer halverwege de training staan. Op dat moment was het Pedrosa die 0,179s onder de tijd van Stoner wist te komen.

Stoner probeerde daar later nog verandering in te brengen maar slaagde daar niet in terwijl Pedrosa zijn tijd ongeveer tegelijkertijd zelfs nog iets wist aan te scherpen en daarbij uiteindelijk op een 1’40.101 uit kwam, hiermee was de Spanjaard 0,188s sneller dan de Australiër maar nog wel een halve seconde langzamer dan Stoner’s tijd uit de ochtend.