Bij de start van de race is het heel verassend Dani Pedrosa die als eerste bij de eerste bocht aan komt gevolgd door Valentino Rossi, Loris Capirossi, Sete Gibernau, Nicky Hayden en Casey Stoner. Pedrosa wordt daarna al snel gepasseerd door Rossi.
Shinya Nakano doet het zelfs slechter dan vorig jaar want toen reed hij de eerste ronde nog uit nu ging het in die eerste ronde al mis. De beide Kawasaki’s raken elkaar en Nakano schuift de grindbak in. Randy De Puniet kan zijn race nog vervolgen, zei het als laatste. Naast Nakano is Toni Elias de enige andere uitvaller nadat hij halverwege de race onderuit schuift.
In de derde ronde zien we dat Capirossi Pedrosa passeert en even later ook Rossi. Er is dan al een klein gaatje naar de niet fitte Pedrosa die het tempo echter wel goed bij weet te benen.
Hayden ligt dan vierde maar verliest naarmate de race vordert, waarschijnlijk door dezelfde problemen met de koppeling die hem al vaker parten heeft gespeeld, steeds meer terrein ten opzichte van Pedrosa maar verliest geen plaats. Hij komt wel tijdelijk onder druk te staan van Gibernau en later ook van Stoner maar weet zijn positie vast te houden.
Dan lijkt Capirex wat problemen te hebben want hij is ineens een stuk langzamer en zakt terug tot achter Pedrosa. Het probleem lost zich vanzelf op want even later komt hij weer naar voren en gaat niet veel later de strijd weer aan met landgenoot Rossi.
Beide kemphanen zijn erg aan elkaar gewaagd en er wordt dan ook veel van positie gewisseld. Dan is het weer Rossi, dan is het weer Capirossi die de leiding heeft en vaak volgen deze wisselingen elkaar in enkele bochten op.
Uiteindelijk gaat het kuip tegen kuip waarbij Rossi zich een beetje voorbij Capirossi forceert. Rossi weet dan iets weg te lopen van de Ducati rijder die echter alles op alles zet om toch nog die winst te pakken.
In de laatste bocht, die tussen de twee rechte stuken in, remt Rossi een beetje te laat en gaat wijd waardoor Capirossi toch nog een kans maakte op de overwinning. Capirossi remt echter nog veel later en gaat nog veel wijder waarna Rossi de overwinning pakt. De voorsprong van Capirossi op Pedrosa is nog groot genoeg om zich geen zorgen te hoeven maken op het verliezen van de tweede plaats.
Ondanks dat beide Italianen de show stalen droeg de held van de dag de naam Dani Pedrosa. De kleine Spanjaard, waarvan vrijdag nog berichten uitgingen dat het onzeker was of hij hier wel zou kunnen rijden en mogelijk zelfs Australië zou moeten missen, profiteerde van de beslissing dat de tijden van de drie vrije trainingen telden als startopstelling want waarschijnlijk had hij in het geval van een kwalificatie van een minder goede uitgangspositie moeten starten dan de vijfde plaats. Pedrosa moest na de race van zijn motor geholpen worden en dat ging met moeite. Daarna bleek dat zijn wond open was gegaan en dat hij meteen naar het medisch centrum moest en de podium press conference niet eens kon bijwonen.
Verliezer van de dag was weer Nicky Hayden die weliswaar de schade beperkt hield door vierde te worden maar de moed zal de Amerikaan wel in de schoenen zinken nu hij Pedrosa (nu op 22 punten achter Hayden), Rossi (nu 26 punten achterstand) en Capirossi (nu 43 punten achterstand) steeds dichterbij ziet komen.
Uitslag MotoGP race | Stand na Sepang