Opnieuw sloegen de weergoden toe tijdens de kwalifcatie van de MotoGP klasse. Tot twee keer toe zochten alle coureurs de pitbox op omdat het licht begon te regenen in Assen. Toen het tien minuten voor het eind nog steeds geen verbetering leek te zijn was de verwachting dat de stand van dat moment onveranderd zou blijven. 

Met nog acht minuten te gaan reed Yonny Hernandez als eerste de baan weer op. Al snel volgde het hele veld, en de strijd brak toen echt los. In een ongekend spannende eindfase stak Stoner uiteindelijk net boven zijn teamgenoot uit. De Australiër stuiterde vanochtend hard van zijn Honda af in wat hij beschrijft als de grootste crash in zijn carrière. Zelf was hij dan nog het meest verrast door zijn poletijd. 

Dani Pedrosa kwam uiteindelijk net te kort voor de pole. Hij gaf 0.115 seconden toe op de regerend kampioen maar hij geeft wel aan dat het gevoel met de motor een stuk beter is. Hierdoor heeft hij veel vertrouwen voor de race. Ditzelfde geldt voor de derde man Jorge Lorenzo.