De tweede vrije MotoGP training van de Grande Prémio de Portugal Circuito Estoril werd in tegenstelling tot de ochtendsessie verreden op een droge baan. 

Stoner´s snelste ronde van 1.38´396 bleek uiteindelijk ook de snelste ronde van de dag en deze snelle ronde was drietiende van een seconde sneller dan de tijd van de snelste man uit de eerste sessie Ben Spies. De Amerikaan kende een teleurstellende start van het seizoen maar met de snelste tijd in de ochtendsessie en de tweede tijd in de tweede vrije training lijkt de Yamaha coureur weer helemaal terug aan het front.

Cal Crutchlow maakte opnieuw indruk door in de tweede sessie op zijn satteliet Yamaha de derde tijd op de klok te zetten voor Stoner’s teamgenoot Dani Pedrosa, Jorge Lorenzo en San Carlo Honda Gresini coureur Álvaro Bautista.

Ducati Team coureur Nicky Hayden, tijdens de ochtendsessie tweede, noteerde de zevende tijd voor de Spanjaard Héctor Barberá op zijn satteliet Ducati en Valentino Rossi die niet verder wist te komen dan de negende tijd.