Ducati Xerox junior rijder Xavier Simeon was tot nu toe in alle trainingen het snelste maar in de kwalificatie was het Ten Kate Honda rijder Maxime Berger die de Belg achter zich wist te houden.
In plaats van een spannende strijd om de laatste pole van het seizoen was het in de Superstock 100 sessie al snel bekeken. Loris Baz opende met een snelle tijd waarna kort Xavier Simeon op pole stond voordat Berger de rest van de sessie domineerde.
Berger kwam na drie minuten training voor de eerste keer naar de pole toen hij iets minder dan een halve seconde sneller was dan Simeon, de ronde daarna schaafde de Fransman nog eens een dikke twee tienden van zijn eigen tijd en later, met nog zo'n zeven minuten te gaan, haalde Berger er nog 0,146s vanaf.. In de resterende tijd wist Simeon nog wel dichtbij de Ten Kate rijder te komen maar was toch nog 0,056s langzamer.
Derde werd de wederom sterk voor de dag komende René Mähr, de Oostenrijker kwam 0,200s te kort om een eerste pole te pakken maar laat zich hier in Portimão duidelijk van zijn goede kant zien na een sterke tweede seizoenshelft. Sylvain Barrier noteerde de vierde tijd voor Claudio Corti, Javier Fores, Baz, Dominic Lammert en Ondrej Jezek.
Raymond Schouten kende een wat minder goede training. De vdHeyden Motors Yamaha rijder kwam na redelijk goede posities in de vrije trainingen nu niet verder dan een 16e plek, zijn teamgenoot Hampus Johansson werd 17e.
Uitslag kwalificatie