De beste start was wederom voor Max Biaggi nu voor Jonathan Rea, Leon Haslam, Cal Crutchlow en Troy Corser. Rea wist Biaggi al snel te passeren en een ronde aan de leiding te liggen maar de ronde daarna kwam Biaggi weer terug. De eerste vier rijders wisten vervolgens los te breken van de rest maar zouden na een paar ronden nog gezelschap krijgen van Carlos Checa die Troy Corser ha weten te passeren.
Vlak nadat Checa aansluiting had gekregen ging het mis met de Honda van Rea, op het einde van het rechte stuk ging het blok kapot en het was einde race voor Rea. De overgebleven vier rijders - Biaggi, Haslam, Crutchlow en Checa - bleven de rest van de race met elkaar vechten voor de overwinning waarbij Haslam ook nog een aantal ronden aan de leiding lag. Biaggi had echter elke keer weer een antwoord en wist een aandringende Haslam voor een tweede maal achter zich te houden, nu met een verschil van 0,191s. Crutchlow werd derde voor Checa.
Achter deze vier verloor Corser in de tweede helft van de race steeds meer plaatsen, na Checa wisten respectievelijk ook Leon Camier, James Toseland en Shane Byrne de Australiër te passeren. In de eindfase kwam Corser bij de met elkaar vechtende Noriyuki Haga en Sylvain Guintoli terecht maar ook de Fransman en de Japanner wisten de BMW rijder na een aantal ronden achter te laten waardoor er voor Corser niet meer in zat dan een tiende plaats.
Voor Jakub Smrz, die in de tweede kwalificatie nog de snelste tijd had weten te noteren, waren de races in Portimão een teleurstelling, na een uitval in de eerste race ging de Tsjech in de tweede race onderuit, net als Sheridan Morais, de vervanger van Broc Parkes.
In het kampioenschap heeft Leon Haslam nog steeds de leiding, nu met 85 punten, Biaggi staat tweede met 69 punten voor Checa met 60 punten.
Uitslag Superbike race 2 | stand na Portimão