In het zonnige Valencia verliep de tweede kwalificatie niet zonder problemen waarbij vooral Aprilia in de hok zat waar de klappen vielen. Een paar minuten na het begin van de tweede sessie was er al een technisch probleem voor Max Biaggi terwijl ook Shinya Nakano in de problemen kwam en zelfs onderuit ging met als resultaat een gebroken sleutelbeen en een rode vlag om de olie op te ruimen.
Een kwartier na het hervatten van de training wist Ben Spies, nadat eerder Ryuichi Kiyonari en Noriyuki Haga bovenaan hadden gestaan, als eerste onder de snelste tijd uit de eerste kwalificatie te duiken. In eerste instantie met 0,047s maar een ronde later was dat met een 1'34.709 0,066s sneller dan Biaggi. Deze tijd was snel genoeg om tot het einde van de sessie te blijven staan.
In de resterende 25 minuten wist ook Régis Laconi nog onder de tijd van Biaggi te komen toen de Fransman 0,005s langzamer was dan Spies. Biaggi zelf was niet vrij van alle problemen want later in de sessie zou de Italiaan nogmaals met technische problemen langs de kan komen te staan. Zijn tijd van vrijdagmiddag was goed genoeg voor de derde tijd overall maar in deze kwalificatie kwam de Italiaan niet verder dan een 15e tijd.
Naast Biaggi wisten ook Haga, Tom Sykes, Ayrton Badovini en Nakano hun tijd niet te verbeteren. Hierdoor wisten Michel Fabrizio, Yukio Kagayama en Troy Corser zich voorbij Haga te werken waardoor de Japanner nu een zevende tijd achter zijn naam heeft staan. Na Haga volgen Kiyonari, Max Neukirchner en een andermaal goed voor de dag komende Broc Parkes.
Naast de crash van Nakano zochten ook Neukirchner Ruben Xaus en Tommy Hill ook de grindbak op waarbij de Duitser het slachtoffer werd van het oliespoor van Nakano. Deze heren bleven in tegenstelling tot Nakano ongedeerd.
Uitslag tweede kwalificatie