Casey Stoner mocht na de Grand Prix op Sepang wederom op de bovenste trede van het podium klimmen nadat hij de race wist te winnen voor Marco Melandri en Dani Pedrosa.
De nog jonge Australiër wist al meteen bij de start de leiding te pakken en hoefde daarna in feite niet meer om te kijken. In eerste instantie was het Dani Pedrosa voor Randy de Puniet, Marco Melandri en Anthony West die de achtervolging inzette.
West viel echter uit dat groepje weg nadat hij een valse start had gemaakt en een ride-through moest ondergaan. West kwam als laatste weer op de baan maar vocht zich in het restant van de race nog naar de 15e positie en pakte daarmee het laatste puntje voor de neus van Shinya Nakano weg.
Pedrosa, Melandri en de Puniet bleven de druk op Stoner zetten en namen wat afstand op Valentino Rossi die zich langs de beide Rizla Suzuki’s en Toni Elias had gewerkt en inmiddels was opgeklommen naar de vijfde plaats.
Halverwege de race verhoogde Stoner het tempo een beetje wat Pedrosa niet kon volgend waarna Melandri de Spanjaard passeerde en zijn best deed om de #27 te achterhalen. Het verschil tussen de toekomstige teamgenoten varieerde van bijna twee tot ruim een seconde maar het lukte de Italiaan niet om Stoner nog echt onder druk te zetten.
Pedrosa wist lange tijd in het kielzog van Melandri te blijven maar zakte in de eindfase toch nog een beetje terug maar wist uit de klauwen van de Puniet te blijven. De Fransman kreeg op zijn beurt in de eindfase nog wat druk van Rossi maar hij wist de zevenvoudig wereldkampioen achter zich te houden.
Nicky Hayden probeerde in de 13e ronde Elias te passeren maar verremde zich nadat hij de Honda Gresini rijder was gepasseerd en moest door de grindbak. Hij kon als tiende zijn race vervolgen en kwam vlak achter de beide Suzuki’s, die de hele race een mooi gevecht met elkaar hadden, als negende over de streep. Kurtis Roberts maakte ook nog een excursie door de grindbak en zakte daardoor van de 19e naar de 20e plaats.