Fiat Yamaha rijder Jorge Lorenzo was snel in de kwalificatie op de Mazda Raceway Laguna Seca maar zijn tweede crash was een hele stevige waardoor er op het moment van schrijven onduidelijkheid is over zijn deelname in de race. Valentino Rossi werd tweede en de eveneens gecrashte Casey Stoner derde.
In de eerste paar minuten van de sessie was het stuivertje wisselen tussen Casey Stoner en Jorge Lorenzo, de Australir kreeg tijdelijk de bovenhand totdat Dani Pedrosa na 12 minuten training een paar minuten op kop stond waarna het stuivertje wisselen tussen de Fiat Yamaha rijder en de Ducati Marlboro rijder weer begon.
Met nog 39 minuten op de klok kwam er enigszins rust toen Lorenzo 15 minuten op kop bleef staan nadat hij als eerste onder de 1’22 was gedoken maar daarna was het weer Stoner die met twee opeenvolgende snelste ronden de pole terug pakte. Vlak voordat Stoner de tijd van Lorenzo wist te verbeteren kwam de Spanjaard onschuldig ten val en moest hij met lede ogen toezien hoe Stoner tot twee keer toe sneller was.
Met nog iets meer dan een kwartier te gaan kwam Lorenzo met zijn reserve machine op de baan om niet veel later met een 1’21.678 onder de tijd van Stoner te duiken, op dat moment waren er nog 12 minuten te gaan waarin normaal gesproken de ronde tijden alleen nog maar om laag gaan. Dat deden ze ook maar niet van de top vijf.
In pogingen om hun tijd nog te verbeteren kwamen Lorenzo en Stoner met nog maar een paar minuten te gaan onafhankelijk van elkaar ten val waarbij vooral Lorenzo de nodige klappen opliep aan zijn rechterschouder en er twijfels zijn over zijn deelname aan de race. Op het moment van schrijven werd het signaal gegeven dat Stoner ok was.
Rossi probeerde op dat moment onder de tijd van de twee rijders voor hem te duiken maar kwam elke keer in de vierde sectie te kort. Uiteindelijk wit Rossi nog wel voorbij Stoner te komen maar Lorenzo’s tijd bleek onklopbaar waardoor de Spanjaard, als hij zal starten, vanaf pole zal mogen vertrekken met naast hem zijn teamgenoot Rossi en Stoner.
De tweede startrij bestaat uit het goed voor de dag komende Repsol Honda duo bestaande uit Dani Pedrosa en Andrea Dovizioso. Naast de twee teamgenoten staat Toni Elias die zich, met een uitstekende laatste ronde, naar de tweede startrij wist te rijden.
Op de derde rij vinden we de twee Amerikanen – Colin Edwards en Nicky Hayden – voor de man die de afgelopen twee jaar op dit circuit een podium wist te pakken, Chris Vermeulen. Loris Capirossi maakt de top tien vol.
Naast de twee crashes van Lorenzo en de crash van Stoner waren er ook valpartijen voor Niccolo Canepa en James Toseland, zij bleven beiden ongedeerd.