Deze keer geen Casey Stoner of Valentino Rossi. Het was namelijk Monster Tech3 Yamaha rijder Colin Edwards die zich het snelste over het natte Motegi circuit wist te navigeren.
In de eerste negen minuten waren het Loris Capirossi en Yuki Takahashi die elkaar aan de kop afwisselden voordat Casey Stoner het grootste deel van de rest van de sessie domineerde. Op vrijdag was het Valentino Rossi die de Australiër op het laatste met een verschil van 0,056s terug wist te dringen maar in deze tweede vrije training was het een andere Yamaha rijder, te weten Colin Edwards.
De Amerikaan zette in zijn een na laatste ronde een 2’01.841 op de klok en was daarmee meer dan een halve seconde sneller dan de Ducati rijder die ook nog Rossi voor zich kreeg. Het verschil tussen Edwards en Rossi was met 0,052s te noemen. Achter Stoner was het Jorge Lorenzo die de vierde tijd noteerde voor regenspecialist Chris Vermeulen en een verrassend snelle Nicky Hayden.
Alex de Angelis, Sete Gibernau, Randy de Puniet en Dani Pedrosa maakten de top tien vol. Er waren wat uitsapjes maar verder waren er opvallend genoeg geen valpartijen.
