Het eerste MotoGP weekend van het 2009 seizoen mondde uit op een perfect weekend voor Casey Stoner die in alle trainingen, de kwalificatie, de warm-up en de race het snelste was. Valentino Rossi werd tweede voor Jorge Lorenzo.
Vooraf waren er nog vraagtekens of Ducati Marlboro coureur Casey Stoner het met zijn pols wel een hele race vol zou kunnen houden, tijdens de race bleek de Australiër ogenschijnlijk nergens last van te hebben want hij won de race met een voorsprong van ruim zeven seconden.
Stoner kwam goed uit zijn startblokken en had Loris Capirossi in eerste instantie achter zich gevolgd door Valentino Rossi, Jorge Lorenzo, Chris Vermeulen en Andrea Dovizioso. Rossi kreeg even last van zijn teamgenoot maar pakte die al snel weer terug om daarna al snel langs Capirossi te gaan en de jacht op Stoner te openen.
Stoner had op dat moment al een gat van 2,8s op Rossi en de Italiaan deed er alles aan om het gat dicht te rijden. Een tijdje lukte dat, Rossi was in de 9e ronden nog 1,9s van de Ducati rijder verwijderd maar daarna liep het gat weer op tot uiteindelijk 7,771s. Er was geen kruid opgewassen tegen Stoner.
Achter Rossi zagen we Capirossi even op de derde plaats rijden totdat eerst Andrea Dovizioso en een paar ronden later ook Jorge Lorenzo de Suzuki rijder passeerde. Vlak daarna zou de Italiaan onderuit glijden. Lorenzo zou daarna Dovizioso nog passeren en onbedreigd de derde plaats pakken terwijl de Repsol Honda rijder ook Colin Edwards nog voorbij zag komen.
De strijd om de zesde plaats was in eerste instantie tussen Chris Vermeulen en Randy de Puniet. De Fransman viel echter terug terwijl Vermeulen het later aan de stok kreeg met Dani Pedrosa en Alex de Angelis met Mika Kallio daarachter op de loer. De Angelis zou Vermeulen nog weten te passeren waarna de San Marinees de zesde plaats pakte voor Vermeulen.
De Angelis zorgde ook nog voor een spectaculair moment toen Pedrosa wat wijd een bocht in ging en even van het gas af moest waarna de Angelis Pedrosa niet meer kon ontwijken en vol in de zijkant van Pedrosa en zijn Honda klapte. Pedrosa bleef wonderwel genoeg overeind maar zakte daarna terug tot achter Mika Kallio (achtste bij zijn MotoGP debuut), Toni Elias en Randy de Puniet. Bijna wist Nicky Hayden, die een sterke tweede helft van de race reed, nog langs de Spanjaard te komen maar de Amerikaan kwam net een ronde te kort.
Voor Marco Melandri en James Toseland eindigde de race in een lichte deceptie, beide rijders misten hun rempunt en konden na een lange rit door de grindbak weer achteraan sluiten. Melandri overkwam het aan het einde van de eerste ronde waarna de Italiaan nog op wist te klimmen tot de 14e positie. Toseland kwam in de zevende ronde naast de baan en eindigde uiteindelijk net buiten de punten nadat hij alleen Niccolò Canepa nog had weten te passeren.