Opnieuw was Repsol Honda rijder Dani Pedrosa tijdens de vrije training voorafgaand aan de kwalificatietraining, de snelste MotoGP coureur op het Amerikaanse Indianapolis. In tegenstelling tot de eerste dag, kon de sessie dit keer op een droge baan worden afgewikkeld. Lorenzo eindigde als tweede, terwijl De Angelis de derde snelste tijd wist te behalen.
Pedrosa bracht zijn fabrieks Honda RC212V in de laatse ronde met een tijd van 1’40.271 de baan rond en was daarmee meer dan een halve seconde sneller dan de tijd waarmee Valentino Rossi in het afgelopen jaar op The Brickyard de poleposition wist te bemachtigen. De kleine Spanjaard was zo goed in vorm, dat geen enkele rijder in staat was om binnen een seconde van de tijd van Pedrosa te eindigen.
Landgenoot Jorge Lorenzo eindigde op de tweede plek, 1.015sec achter de Honda rijder, terwijl Alex de Angelis wederom verrassend goed presteerde en aan het einde van de sessie zijn machine naar de derde plek bracht, voor de beide Yamaha rijders Valentino Rossi en Colin Edwards. De jonge Italiaan Andrea Dovizioso bracht zijn Honda tijdens de ochtendsessie naar de zesde plek, waarmee er drie Honda’s en drie Yamaha’s in de top zes terug te vinden zijn.
De Ducati’s volgden daarna, met respectievelijk Nicky Hayden, Niccolo Canepa en Mika Kallio op de zevende tot en met negende plek. Marco Melandri sloot met zijn Hayate Kawasaki de top tien af.
De twee Rizla Suzuki rijders Loris Capirossi en Chris Vermeulen eindigden de training op de elfde en dertiende plek, met San Carlo Honda Gresini coureur Toni Elias tussen hen in op de twaalfde plek.
Debutant in de MotoGP Aleix Espargaro heeft wederom een goed optreden laten zien, door met een veertiende plek de ervaren Randy de Puniet en James Toseland, die in tegenstelling tot de voorgaande dag niet goed op snelheid wist te komen, achter zich te laten. Scot Racing Team rijder Gabor Talmacsi was met zijn zeventiende plek de hekkensluiter van de ochtend.
