Repsol Honda coureur Dani Pedrosa pakte in de laatste paar tellen van de kwalificatie op Sepang de pole voor Casey Stoner en Marco Melandri.
Zoals een beetje gebruikelijk is waren de Kawasaki coureurs de eersten die een kwalificatieband noteerden. Het was dan ook Randy de Puniet die halverwege de sessie de snelste tijd noteerde. Die tijd van de Fransman, die overigens in het begin van de sessie nog een onschuldige valpartij meemaakte, bleef echter niet lang staan want teamgenoot Anthony West dook er nog geen halve minuut later bijna een halve seconde onder door en deze tijd bleef een aardig tijdje staan.
Met nog zeven minuten op de klok – en nadat Melandri, Hayden en Rossi zich hadden stuk gebeten op de tijd van West – was het Stoner die een snellere tijd noteerde. Later wist Stoner deze tijd nog wat aan te scherpen maar het was niet voldoende om de pole te houden want het was Dani Pedrosa die met een 2’01.877 net even sneller was en zo zijn derde opeenvolgende pole pakte. Valentino Rossi en Hayden leken overigens ook nog op weg naar de pole maar verloren toch teveel tijd in de laatste secties.
In die laatste paar tellen wisten ook Marco Melandri en Randy de Puniet nog een snellere tijd dan West te noteren waardoor deze naar de respectievelijk derde en vierde plaats kwamen voor West en Hayden.
De derde rij was voor Chris Vermeulen, Toni Elias en Valentino Rossi, die met zijn tijd overigens ruim ene halve seconde langzamer bleek. John Hopkins en Loris Capirossi zijn de laatste twee die een tijd binnen een seconde van Pedrosa wisten te noteren.
Tijdens de sessie zagen we nog grindbak excursies van Shinya Nakano en Kurtis Roberts.
