De kwalificatie voor de Grand Prix van Duitsland was er een met verraderlijke omstandigheden, wat Casey Stoner deed besluiten om de laatste minuten uit te zitten nadat hij al een paar waarschuwingen van zijn Ducati had gekregen. Uiteindelijk werd de Australiër derde.
In het begin van de sessie maakte Casey Stoner zijn reputatie nog even waar. De Ducati Marlboro rijder zette al snel een paar snelle ronden neer en verdween, nadat hij nog twee keer naar de pole was gekomen, niet meer uit de top drie. Stoner besloot toen het harder begon te regenen en er meerdere rijders onderuit gingen de laatste paar minuten van de sessie uit te zitten en zich niet direct om de strijd met de pole te bemoeien.
"Dat was een gevaarlijke sessie met al dat water op de baan en de minimale grip. Er gingen zoveel rijders onderuit dat we, zodra we wisten dat we een degelijke tijd hadden genoteerd, besloten de laatste paar minuten uit te zitten want het laatste wat ik nodig had was een crash. Ik voel nog steeds de naweeën van de crash in Laguna dus ik ben eerlijk gezegd blij dat ik vandaag overeind heb kunnen blijven, daarnaast ben ik ook blij met die eerste startrij," vertelde Stoner.
"Petje af voor Rossi en Lorenzo want terwijl iedereen alle kanten op gleed leek het of zij op rails reden. Dit zijn duidelijk de mannen die morgen verslagen moeten worden of het nu nat of droog zal zijn. Ik hoop zelf op regen want dan weet ik dat ik aan het einde van de race fysiek nog sterk genoeg ben."
