Ten Kate Junior rijder Maxime Berger was ook in de eerste kwalificatie de snelste man maar de dreiging van Ayrton Badovini wordt wel steeds groter, de Italiaan kwam tot op 0,164s van de Fransman.
Nadat Sylvain Barrier en Lorenzo Baroni in het begin de dans mochten leiden was al weer snel Maxime Berger die zijn Ten Kate Honda naar de snelste tijd bracht. De Fransman wist daarna nog drie keer zijn tijd te verbeteren voordat Ayrton Badovini met nog negen minuten te gaan aan het spelletje ging mee doen.<br /> <br /> Badovini wist zijn tijd nog een keer aan te scherpen en leek op weg naar de voorlopige pole maar met zijn laatste ronde wist Berger toch nog bijna twee tienden te vinden en daarmee de voorlopige pole te pakken.
Derde werd Andrea Antonelli, de Italiaan was in de eindfase nog op weg naar een snelste tijd maar kwam net even te kort. Lorenzo Zanetti, de openbaring van de race in Brno, noteerde op zijn Ducati de vierde tijd. Voor Lorenzo Baroni, Danilo Petrussi, Sylvain Barrier, Loris Baz, Eddi La Marra en Barry Liam Burrel.
