Een ieder had erop gerekend dat het warme raceweekend op het circuit van Brno van regen verschoond zou blijven. Echter, vlak voor de start van de tweede World Superbike race begon het te regenen, als gevolg waarvan de start werd uitgesteld, teneinde de teams in de gelegenheid te stellen de motorfietsen van andere banden te voorzien.
De race werd teruggebracht van 20 naar 19 ronden en tot "wet race" bestempeld. Noriyuki Haga vertrok andermaal vanaf de pole, met naast zich Max Biaggi, Troy Bayliss en James Toseland. Troy Corser voerde de tweede startrij aan, voor Yukio Kagayama, Lorenzo Lanzi en Max Neukirchner.
Net als in de eerste race was Biaggi als eerste weg, gevolgd door Toseland. Middels een mooie manoeuvre werd de kop al snel overgenomen door Lorenzo Lanzi, die gelijk een fikse voorsprong nam. Bij de eerste doorkomst was Biaggi al teruggezakt naar een 7e positie en had Haga, Corser, Régis Laconi en Neukirchner langs zich heen zien gaan, terwijl Haga de leiding in de wedstrijd had overgenomen.
In de 6e ronde was er pech voor Corser. De Australiër moest zijn Yamaha met technische problemen naar de pitbox brengen. Zijn teamgenoot Haga had zijn voorsprong inmiddels weten uit te breiden naar ruim twee seconden. Toseland en Biaggi streden om de 2e positie, terwijl op enige afstand Michel Fabrizio, Kagayama en Lanzi volgden. Bayliss was verder teruggezakt tot de op de 7e positie rijdende Roberto Rolfo.
Terwijl de race net over de helft was verloor Kagayama, de man die vorig jaar in Brno beide races wist te winnen, de controle over zijn Suzuki en belandde in de grindbak. Zijn teamgenoot slaagde erin, met Toseland in zijn kielzog, dichter naar Haga toe te rijden. Wellicht had de Japanner problemen met zijn banden. Het regende niet meer en de zon was weer gaan schijnen. Biaggi en Toseland gingen aan Haga voorbij. Ook de 3e positie hield geen stand voor de Japanner. Deze werd overgenomen door Fabrizio.
Gedurende de laatste paar ronden van de race was het Max Biaggi, die het initiatief nam. De Italiaan liet Toseland ongeveer een seconde achter zich, terwijl Haga een mogelijke podiumplaats in rook zag opgaan, aangezien Fabrizio bij hem weg reed. Bij het ingaan van de laatste ronde was de strijd gestreden. Biaggi hield stand en passeerde als eerste de zwart/wit geblokte vlag, gevolgd door Toseland en Fabrizio. Biaggi gaat met dit resultaat Bayliss en Haga voorbij in het klassement en komt op een 2e plaats.
Naast Corser vielen ook Dean Ellison, Christian Zaiser, Jiri Drasdak uit.
Uitslag race 2 | Stand na Brno
