Nadat op de eerste dag Nori Haga nog de dienst uit maakte, wist Troy Bayliss in de twee keer onderbroken tweede kwalificatie de snelste tijd te noteren en mag daarom dus als laatste zijn Superpole ronde maken.
Na een paar minuten werd de sessie voor de eerste keer onderbroken met een rode vlag nadat Alto Evolution rijder Matt Lynn na een geploft blok met zijn Honda onderuit was gegaan en een oliespoor had achtergelaten. Vlak daarvoor had Noriyuki Haga de tot dan toe snelste tijd weten te noteren.
Na de herstart wisten Ducati Xerox teamgenoten Michel Fabrizio en Troy Bayliss al snel de tijd van Haga te verbeteren maar de Japanner kwam al snel weer terug met een tijd die vervolgens bijna een uur bovenaan bleef staan. Dit kwam onder andere door een tweede rode vlag situatie, nu was de Honda van Shuhei Aoyama geploft en had daarbij een leuk oliespoor neer gelegd. Vlak daarvoor had Lynn andermaal een technisch probleem gekregen waardoor na het oliespoor van Aoyama werd besloten dat het Alto Evolution team niet meer aan het restant van de sessie mocht deelnemen.
Na de tweede herstart duurde het een paar minuten voordat Max Neukirchner de tijd van Haga wist te verbeteren. De Duitser was op dat moment bijna een halve seconde sneller maar wist daar iets later nog twee tienden vanaf te rijden. Het was echter niet de aller-snelste tijd van de sessie want in de laatste tien minutenwist Troy Bayliss nog eens drie tienden van de tijd van Neukirchner te halen en verzekerde zich daarmee van het als laatste een Superpole ronde te mogen rijden.
Neukirchner had geen antwoord en bleef op de drie tienden achterstand staan. Ook Haga had na de tweede herstart geen antwoord en zakte terug tot een tiende tijd nadat Fabrizio, Kiyonari, Ruben Xaus, Carlos Checa, Max Biaggi, Troy Corser en Fonsi Nieto sneller hadden weten te gaan waarbij Corser een snelle ronde ook nog moest bekopen met een onschuldige crash.
Voordat Haga aan zijn Superpole ronde mag beginnen zullen eerst Karl Muggeridge, Yukio Kagayama, Kenan Sofuoglu, Roberto Rolfo, Lorenzo Lanzi en Régis Laconi een ultieme ronde mogen rijden want zij wisten zich bij de eerste 16 te kwalificeren waarbij Kagayama de eerste rijder was die niet binnen een seconde van de tijd van Bayliss wist te blijven.