Op het zeer natte Misano begonnen de WSBK rijders aan hun tweede kwalificatie. Hierin was het BMW rijder Troy Corser die verrassend de snelste tijd voor zijn rekening naam. Michel Fabrizio blijft met zijn tijd uit de eerste kwalificatie de snelste man.
Net na de Supersport sessie begon het hard te regenen waardoor de heren Superbike coureurs en natte baan voor zich hadden. Vooral in begin werd nog rustig aangedaan en toen waren het Shinya Nakano en Shane Byrne die naar de snelste tijden kwamen. De Britse Sterilgarda Ducati rijder stond vervolgens een kwartier lang op kop voordat Michel Fabrizio zijn tijd verbeterde.
Daarna duurde het nog 10 minuten voordat de tijd van de Ducati rijder verbeterd werd door Jonathan Rea. De Ten Kate rijder bleef echter niet op kop staan want in de laatste twee minuten zagen we eerst Jamie Hacking, daarna Luca Scassa en vervolgens Troy Corser naar de snelste tijd komen.
De Australische BMW coureur bleek 0,024s sneller te zijn dan de Italiaanse Kawasaki rijder gevold door Hacking, Rea en Tom Sykes.
De tijden in deze tweede kwalificatie sessie waren bij lange na niet snel genoeg om de tijd van Fabrizio uit de eerste kwalificatie te verbeteren. Hierdoor staat hij nog steeds eerste voor Ben Spies, Yukio Kagayama, Rea en Broc Parkes.