Het leek een spannende kwalificatie te gaan worden, en dat was het ook totdat Casey Stoner in de laatste fase een onverwacht snelle ronde op de klokken wist te zetten en daarmee de rest van het veld buiten spel zette.
Het was deze sessie niet alleen Casey Stoner die indruk wist te maken. Het was weliswaar Stoner die een groot deel van de sessie op kop stond maar in de tweed helft wisten ook Randy de Puniet en Jorge Lorenzo naar de voorlopige pole te komen.
Vooral Lorenzo maakte een sterke indruk want de Spanjaard kwam met nog 17 minuten te gaan naar de pole en wist vervolgens acht minuten later zijn tijd weer te verbeteren. Met nog vijf minuten op de klok kwam Valentino Rossi, die voor de verandering weer eens met een ander helmdesign rijd, naar de pole maar niet veel later was het weer Lorenzo die de op dat moment snelste tijd verbeterde en daarmee de eerste rijder was die onder de 1’34 wist te komen.
Vervolgens ging Stoner er nog even goed voor zitten en zette een ongelofelijke tijd neer door bijna zes tienden sneller te gaan dan de Fiat Yamaha rijder. Rossi leek toen nog op weg naar de pole maar na twee snelle secties verloor hij tijd in de overige twee secties en kwam uiteindelijk 0,510s te kort op de Ducati rijder. Rossi kwam echter wel met zijn tijd naar de tweede plaats voor zijn teamgenoot.
De Puniet kwam ook goed voor de dag en kwam uiteindelijk op de vierde plaats terecht met naast hem op dei tweede startrij Toni Elias en Dani Pedrosa. Chris Vermeulen, Shinya Nakano en James Toseland bezetten de derde startrij voor Colin Edwards, de laatste man in de top tien.
Voor Alex de Angelis, die een positieve eerste dag had, was het een wat minder goede sessie. De San Marinees wist uiteindelijk naar een 13e tijd te komen voor een eveneens wat tegenvallende Andrea Dovizioso. Andere tegenvallers waren Nicky Hayden (16e) en toch ook wel John Hopkins (17e)
