Hector Barbera was lokale held Marco Simoncelli in de tweede kwalificatie te snel af en zal voor de race op het Misano circuit vanaf pole mogen vertrekken.
In de eerste 15 minuten van de sessie was het voor wat betreft de top 15 stil, geen van de rijders wist zijn tijd te verbeteren . Een paar minuten later is het Hiroshi Aoyama die zijn tijd van uit de eerste kwalificatie als eerste wist te verbeteren en naar de derde tijd komt terwijl Barbera, zonder tijdverbetering op dat moment de snelste man van de sessie is. Langzaamaan volgen ook andere rijders binnen de top tien die hun tijd verbeteren.
Aleix Espargaro en Thomas Lüthi werken met nog tien minuten samen en weten hun tijd te verbeteren en verdrijven daarmee Aoyama van de derde plek. Op dat moment is de hele top tien behalve Simoncelli sneller dan gisteren, Simoncelli is met tijd van gisteren dan nog steeds 0,168s sneller dan Barbera.
De Spanjaard is echter nog niet klaar en gaat even stampen. Eerst weet hij het gat te dichten tot 0,030s maar de ronde daarna is hij wel sneller dan de Italiaan en wel 0,353s en komt daarmee naar de pole. Simoncelli en zijn teamgenoot Roberto Locatelli zijn dan nog de enigen in de top 15 die hun tijd niet hebben weten te verbeteren.
In de laatste minuten gaat het Simoncelli dan eindelijk lukken. In eerste instantie was hij op weg naar de allersnelste tijd maar naast ene snelle tijd in de eerste sector en een bijna gelijke tijd in de tweede sector blijkt de derde sector niet goed genoeg te gaan en dat weet hij in de vierde sector niet meer goed te maken waardoor hij niet verder komt dan een tweede startplaats op 0,077s achter Barbera. Naast het tweetal staan verder nog Aleix Espargaro en de nog wat naar voren gekomen Yuki Takahashi
Hiroshi Aoyama heeft in het restant van de sessie Lüthi weer gepasseerd en zal als eerste vanaf de tweede startrij mogen vertrekken met naast hem de Zwitser, Julian Simon en Hector Faubel. Mattia Pasini, die in de eindfase nog onderuit ging, en een tegenvallende Mika Kallio maken de top tien vol.
