Loris Capirossi wist tijdens een bizarre halfnatte MotoGP race zijn derde opeenvolgende zege op het Japanse Motegi te pakken. Teamgenoot Casey Stoner kwam als zesde over de finish en werd daarmee de nieuwe wereldkampioen.
De race ging van start als een natte race maar al snel kwam er een droge lijn waardoor de rijders op verschillende momenten de pits binnen reden om van machine te wisselen en Loris Capirossi kwam daar al beste uit.
Bij de start was het Dani Pedrosa die vanaf pole direct de leiding pakte en direct al een klein gaatje sloeg gevolgd door Toni Elias, Nicky Hayden, Casey Stoner en Anthony West. De Australische Kawasaki rijder maakte echter een klein foutje bij de start en dat resulteerde in een ride-through. Voordat hij de straf onderging was West echter ontketend en reed in anderhalve ronde naar de kop van het veld dat hij vervolgens twee ronden aanvoerde voordat hij naar binnen kwam voor zijn straf. Kurtis Roberts had toen de KR212V al in de pits geparkeerd.
Doordat West de pits in reed kreeg Casey Stoner een ronde lang de leiding in handen totdat regenspecialist Marco Melandri de leiding overnam, in eerste instantie gevold door Randy de Puniet maar niet veel later door Valentino Rossi.
Zo rond de zevende ronde waren het Nicky Hayden en Sylvain Guintoli die als eersten de pits in reden om van machine te wisselen en in de ronden die volgende gingen er elke keer twee á drie rijders naar binnen om van motor te wisselen.
Melandri en Stoner bleven nog even doorrijden en datzelfde gold voor Rossi die aan een opmars bezig was en ronde na ronde het gat richting Melandri en Stoner verder dicht reed. Dat lukte Rossi in de 11e ronde en een ronde later was hij al voorbij Stoner. Toen Rossi zijn Yamaha ook voorbij Melandri had weten te krijgen gingen én Melandri én Stoner ook de pits in om te wisselen terwijl Rossi nog een ronde door ging gevolgd door Pedrosa die ook nog op zijn natweer banden reed.
Toen Rossi een ronde later ook naar binnen ging, ging het mis terwijl Pedrosa nog een ronde door wilde gaan maar redelijk hard ten val kwam in de bocht voor start finish. Rossi kwam na de wissel voor Stoner op de baan maar kreeg te maken met (waarschijnlijk) remproblemen. De zevenvoudig wereldkampioen verremde zich een paar keer en kwam zelfs nog een keer de pits binnen om er naar te laten kijken maar daardoor waren zijn kampioenschapkansen helemaal vervlogen tenzij Stoner niet zo finishen en dat deed de Australiër wel.
Loris Capirossi had inmiddels na de laatste wissels de leiding in de race in handen gekregen gevolgd door de Puniet, Elias en Guintoli terwijl wat verderop Melandri en Stoner reden. In de eindfase leek Guintoli nog even op weg naar zijn eerste podium, de Fransman stak de Yamaha even langs de Honda ven Elias maar die counterde en draaide het gas eventjes iets meer open om zo de laatste podiumplaats veilig te stellen. Guintoli pakte wel zijn beste resultaat met die vierde plaats en zat maar 0,666s achter de Honda Gresini rijder. Melandri werd vijfde voor Stoner, West, Alex Barros, Hayden en John Hopkins.
Naast de problemen voor Rossi en de al eerder genoemde Roberts waren er ook problemen voor Akira Yanagawa en Carlos Checa, die beiden twee keer de pits aan deden en Kousuke Akiyoshi die op een zevende plaats liggend uitviel. Chris Vermeulen liet bij de start zijn motor afslaan en begon dus met een achterstand aan de race, hij werd uiteindelijk 11e achter zijn teamgenoot.
Uitslag MotoGP race » | tussenstand MotoGP na Motegi