Met een hele snelle ronde, waarmee Valentino Rossi zijn eigen pole record op Sepang heeft verbroken, reed de Italiaanse coureur zijn Yamaha tijdens de kwalificatietraining in 2’00.518s naar de snelste tijd, waarmee Rossi de race op de pole naast Lorenzo en Pedrosa zal beginnen.
Het oude pole record op Sepang was in 2006 door Rossi op een 990cc machine behaald, waar de Italiaan nu met 0.087s overheen kwam. Fiat Yamaha teamgenoot Jorge Lorenzo, die vorig jaar tijdens zijn MotoGP race debuut op dit circuit onderuit ging, start de race vanaf de tweede plek en was 0.569s langzamer dan Rossi.
Repsol Honda rijder Dani Pedrosa reed de gehele training bovenin mee, maar had geen antwoord op de snelle rondetijden van Valentino Rossi, die vanaf de 34e minuut al de leiding nam, om zijn eigen tijd vervolgens nog een paar keer te verbeteren.
Tot het moment dat Rossi bovenaan de tijdlijsten kwam en bleef te staan, was het Casey Stoner die de snelste ronde had gereden, maar de Sepang racewinnaar van 2007 was uiteindelijk haast een seconde langzamer dan Rossi en zakte terug naar de vierde plek. Met dit resultaat zal de Australiër zal de race vanaf de tweede startrij beginnen, naast Loris Capirossi die zijn Suzuki GSV-R naar een vijfde plek wist te brengen en San Carlo Honda Gresini rijder Toni Elias.
Nicky Hayden (Ducati Marlboro), Randy de Puniet (LCR Honda), Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3) en Alex de Angelis (San Carlo Honda Gresini) maakten de top tien van de MotoGP kwalificatiesessie op Sepang compleet.
