Het zag er goed uit voor Nicky Hayden totdat Casey Stoner er eens goed voor ging zitten en met nog acht minuten te gaan de pole pakte. Dani Pedrosa wist zich nog op het laatst nog tussen de Australiër en de Amerikaan te wurmen.
Na de eerste tien minuten, waarin Marco Melandri en Randy de Puniet ten val kwamen, was het Nicky Hayden gelukt om naar de pole positie te komen toen niet veellater de witte vlag met het rode kruis werd getoond: regen!
Paniek is misschien een te groot woord maar enkele rijders besloten direct een paar kwalificatiebanden te monteren om zo nog iets van hun positie te maken. De regen zette echter niet door waardoor onder andere Valentino Rossi het nakijken had toen het er echt om ging.
Ook Nicky Hayden liet waarschijnlijk een kwalificatieband monteren want hij wist, een paar minuten nadat de vlag getoond was, zijn tijd met acht tienden te verbeteren terwijl Sylvain Guintoli naar de tweede plaats wist te komen. Hayden wist enkele minuten later en ongeveer halverwege de sessie zijn tijd nog eens met negen tienden te verbeteren en daar beten een flink aantal rijders zich stuk op.
Colin Edwards kwam er met nog 24 minuten te gaan erg dichtbij (0,003) maar Casey Stoner was de eerste die het wel lukte, met op dat moment nog 14 minuten te gaan reed de Australiër ruim een halve seconde van de tijd van de Repsol Honda rijder. Hayden pareerde en reed het gat iets later weer zo goed als dicht maar kwam net te kort om de pole weer over te nemen.
Vervolgens reed Stoner met nog acht minuten te gaan weer een snellere ronde, wederom was de Australiër een halve seconde sneller dan de Amerikaan en ook nu pareerde Hayden door het gat met een spectuculaire ronde drie tienden dicht te rijden. Dichterbij lukte niet meer terwijl tot overmaat van ramp ook zijn teamgenoot Dani Pedrosa zich op het laatst nog tussen Stoner en Hayden wist te wurmen. Stoner dus voor Pedrosa en Hayden op de eerst startrij.
Vooraan op de tweede startrij vinden we Colin Edwards voor zijn teamgenoot James Toseland en Randy de Puniet terwijl Jorge Lorenzo op het laats toch nog eerdere problemen de baas werd en naar de zevende plaats klom en op die manier samen met Loris Capirossi en Andrea Dovizioso de derde startrij vormt voor tiende man Rossi die in de eindfase geen kwalificatiebanden meer had.
