In de loop van de middag was het aan de rijders in de World Superbike klasse om de bloedhete omstandigheden in op het circuit van Brno te trotseren.
Ondanks het feit dat de luchttemperatuur niet veel hoger was dan eerder vandaag tijdens de vrije training, waren de omstandigheden zeker anders, aangezien de temperatuur van het asfalt door de voortdurend brandende zon zeker 10 tot 15 graden hoger was dan eerder vandaag.
Gedurende de eerste helft van de 60 minuten durende kwalificatietraining was het Troy Corser, die de tijdlijst aanvoerde, maar halverwege de training was het zijn landgenoot Troy Bayliss, die net onder de tijd van de Yamaha Motor Italia rijder dook. Bayliss nam Roberto Rolfo in zijn slipstream mee, die daardoor achter Corser op een 3e plaats terecht kwam. Geruime tijd bleef de situatie ongewijzigd.
Noriyuki Haga hield zich lange tijd rustig, maar tegen het einde van de training kwam de Japanner in actie. In het klassement bevindt Yamaha Motor Italia rijder zich vlak achter Bayliss, die vorig jaar op dit circuit tijdens de race niet geweldig uit de verf kwam. Haga gaf de voorlopige pole niet meer uit handen en treft naast zich op de eerste startrij Corser, Biaggi en Toseland. De voorlopige tweede startrij wordt aangevoerd door Bayliss, voor Rolfo, Fonsi Nieto en Michel Fabrizio, die in de laatste minuten van de training met technische problemen te kampen kreeg. Régis Laconi en Yukio Kagayama, die vorig jaar beide races op het circuit van Brno won, ronden de top 10 af.
Christian Zaiser, die zijn motorfiets vanochtend tijdens de vrije training met technische problemen langs de kant moest zetten, verging het vanmiddag niet veel beter. Wederom technische problemen voor de Oostenrijker. De kwalificatietraining gaf slechts één valpartij te zien. Ruben Xaus hield zijn Ducati niet op de baan en kwam uiteindelijk niet verder dan een 15e tijd.
