De 250cc kwalificatietraining op het circuit van Estoril was een nek aan nek race die uiteindelijk gewonnen werd door de Spanjaard Hector Barbera, die met het kleine verschil van slechts 0.058s gevolgd werd door zijn landgenoot Alvaro Bautista en door de Italiaan Marco Simoncelli die maar 0.088s langzamer was dan de Pepe World Team rijder.
Barbera kwam na een kleine tien minuten gereden te hebben al even aan kop te liggen, maar zijn tijd werd verbeterd door de Spanjaard Alex Debon, die achter de koploper in het kampioenschap Hiroshi Aoyama vanaf de vijfde plek op de grid aan de Portugese race zal beginnen.
Simoncelli, Aoyama en Debon wisselden elkaar bovenaan de 250cc tijdlijst nog even af, maar na 25 minuten drukte Barbera zijn stempel op de training. Mapfre Aspar rijder Alvaro Bautista, die een goede kans maakt op de 250cc wereldtitel, wist nog een keer over de tijd van Barbera heen te komen, maar twee minuten later had de Spaanse Pepe World Team coureur daar alweer een antwoord op en zette hij de snelste tijd van de kwalificatietraining neer, waarmee Barbera na 125cc rijder Simon en Lorenzo in de MotoGP klasse, de derde Spanjaard is die de race van zondag op Estoril vanaf de pole zal gaan starten.
De top tien werd compleet gemaakt door de constant rijdende Raffaele de Rosa (Scot Racing), Mattia Pasini (Team Globalgest), Ratthapark Wilairot (Thai Honda PTT SAG) en tot slot door de twee Fransmannen Jules Cluzel (Matteoni Racing) en Mike Di Meglio (Mapfre Aspar Team).
